电子结肠镜能清晰地观察到肠黏膜的细微结构变化，对可疑病变还可结合放大肠镜及色素内镜观察进一步明确病变的可能性质，并可钳取病变组织进行病理细胞学检查以确定病变的性质，对诊断为结直肠癌者还可区分癌肿的类型及分化程度，为进一步的治疗策略提供依据。

对于发现如肠腺瘤性息肉等癌前病变，尚可同时于肠镜下进行切除等治疗以消除病变，祛除可能进展为肠癌的病因。